Игрок должен любой ценой доставить морских пехотинцев обратно на базу, при этом используя все возможности вверенной ему атомной субмарины. Но враг не дремлет и направит все свои силы на то чтобы уничтожить субмарину. Вражеской техники в игре Submarine Final Battle достаточно много: вертолёты, самолёты, субмарины, торпедные катера, глубоководные мины. Помимо этого игроку придется бороться с аномалиями в виде подводных вулканов.
